フリーランスエンジニアの実務

確定申告のやり方

この部の 4 / 7 章 ・ 全体で 37 / 53 章 ・ 読了目安 28

この章を読むとできるようになること
  • 申告に必要な書類を事前に揃えられる
  • freee から e-Tax 送信までを自分で完了できる
  • 納付方法を選んで期限内に払える

記帳が終わっていれば、確定申告そのものは2〜3時間で終わります。

逆に、記帳が終わっていなければ何日もかかります。 つまり確定申告の作業量は、その年の記帳習慣で決まっています月次ルーティン)。

この章では、準備から送信・納付までの手順を通しで扱います。

準備するもの

【本人確認】
□ マイナンバーカード(e-Tax の最も簡単な方法)
□ または e-Tax の ID・パスワード(税務署で発行)

【収入】
□ 帳簿(会計ソフトに入力済み)
□ 支払調書(受け取っている場合。無くても申告できる)
□ 源泉徴収票(独立した年の給与分)

【控除証明書】
□ 国民年金保険料の控除証明書
□ 国民健康保険料の支払額が分かるもの(自治体により通知の有無が違う)
□ 小規模企業共済の掛金払込証明書
□ iDeCo の掛金払込証明書
□ 生命保険料・地震保険料の控除証明書
□ 医療費の領収書(集計表を作る)
□ ふるさと納税の寄附金受領証明書
□ 住宅ローンの年末残高証明書(該当者)

【その他】
□ 前年の確定申告書の控え
□ 納税用の口座情報(振替納税・還付先)
マイナポータル連携で控除証明書を自動取得できる

マイナポータルと連携すると、次のようなデータを申告書に自動で取り込めます。

□ 生命保険料控除証明書
□ iDeCo の掛金
□ 国民年金保険料
□ 医療費通知情報
□ ふるさと納税(対応ポータル経由の寄附)

初回の設定に30分ほどかかりますが、翌年以降が劇的に楽になります

freee での申告手順

画面: 確定申告 → 「確定申告書の作成」

┌─ 確定申告 › 確定申告書の作成(2026年分) ────────────────┐
│                                                        │
│  ① 基本情報          ✓ 完了                            │
│  ② 収支の確認        ⚠ 未処理の明細が 3 件              │ ← ゼロにする
│  ③ 決算整理          ⚠ 家事按分・減価償却が未実施        │ ← 飛ばさない
│  ④ 残高の確認        ⚠ 普通預金が 12,000 円ずれています │ ← ここで止まる
│  ⑤ 所得控除の入力     — 未入力                          │
│  ⑥ その他の所得       — 未入力                          │
│  ⑦ 申告書の確認       —                                │
│  ⑧ 提出方法の選択     —                                │
│                                                        │
│                              [ ② から再開する ]         │
└────────────────────────────────────────────────────┘

freee は質問に答えていく形式で申告書を作ります。

Step 1. 基本情報
   氏名・住所・マイナンバー・提出先の税務署・申告する年分

Step 2. 収支の確認
   未処理の明細がゼロか確認
   売上・経費の集計を確認

Step 3. 決算整理([決算整理でやること](/chapters/year-end-closing/))
   □ 家事按分の確定
   □ 減価償却費の計上
   □ 棚卸(該当する場合)
   □ 貸倒引当金(任意)
   □ 期ズレの処理

Step 4. 残高の確認
   □ 預金・現金・売掛金・未払金の残高が実際と一致しているか([よくある登録ミスと直し方](/chapters/freee-mistakes/))

Step 5. 所得控除の入力
   社会保険料・小規模企業共済・生命保険・医療費・扶養・寄附金

Step 6. その他の所得
   給与所得(独立した年)・雑所得など

Step 7. 申告書の確認
   □ 所得金額・課税所得・税額
   □ 源泉徴収税額の合計が正しいか
   □ 予定納税額(該当者)

Step 8. 提出方法の選択
   e-Tax(マイナンバーカード方式 / ID・パスワード方式)または印刷して郵送
Step 4 を飛ばさない

残高の確認を飛ばして申告すると、間違った貸借対照表を提出することになります。

金額が合っていない BS は、税務調査で最初に気づかれる箇所の1つです。 申告前に必ず、通帳残高と帳簿残高を突き合わせてください。

e-Tax での送信

マイナンバーカード方式

必要なもの: マイナンバーカード + スマートフォン(または IC カードリーダー)

1. freee の申告画面で「電子申告」を選ぶ
2. スマホアプリでマイナンバーカードを読み取る
3. 署名用電子証明書のパスワード(英数字6〜16桁)を入力
4. 送信 → 受信通知が返ってくる
パスワードのロックに注意

マイナンバーカードの署名用電子証明書のパスワードは、 5回間違えるとロックされます。解除は市区町村の窓口でしか行えません。

3月14日にロックすると、期限内申告ができなくなります。 確定申告の直前ではなく、2月のうちに1度ログインして確認しておいてください。

ID・パスワード方式

税務署で本人確認をして発行してもらう(対面が必要)
マイナンバーカードが無くても e-Tax が使える

暫定的な措置とされているため、いずれマイナンバーカード方式に移行する前提で考えてください。

提出後にやること

□ 受信通知(メッセージボックス)を確認する
□ 申告書・決算書の PDF を保存する(控え)
□ 「納付情報」を確認する
□ 納税する
e-Tax の受信通知は「収受印の代わり」

紙提出なら控えに収受印が押されますが、e-Tax では受信通知がその役割を果たします。

□ 融資の申込
□ 住宅ローンの審査
□ 保育園の入園申込
□ 各種の補助金申請

これらで「申告書の控え」を求められた時、申告書 PDF + 受信通知をセットで出します。 必ず保存してください開業届と青色申告承認申請書の開業届の控えと同じ扱いです)。

納付方法

方法特徴期限
振替納税口座引き落とし。4月中旬〜下旬に引き落とし事前に依頼書の提出が必要
ダイレクト納付e-Tax から即時または日付指定で振替3月15日まで
クレジットカード納付決済手数料が自己負担3月15日まで
インターネットバンキングペイジー3月15日まで
コンビニ納付QR コード。30万円以下3月15日まで
スマホアプリ納付上限あり3月15日まで
窓口現金 + 納付書3月15日まで
振替納税は1ヶ月の猶予と同じ
所得税 3月15日期限 → 4月中旬〜下旬の引き落とし
消費税 3月31日期限 → 4月下旬の引き落とし

延滞税もかからず、資金繰りに1ヶ月の余裕が生まれます。 一度手続きすれば以後も継続されます(税務署を変わる場合は再提出)。

引き落とし日に残高不足だと期限内納付になりません。カレンダーに入れてください。

還付になる場合

□ 源泉徴収税額が納税額を上回る
□ 予定納税をしていて、実際の税額が下回った
□ 独立した年で、給与の源泉徴収分が戻る

還付は申告書に記載した口座に振り込まれます(通常1〜2ヶ月程度)。

還付申告は1月1日から提出できます(2月16日を待つ必要はありません)。

間違いに気づいたら

状況手続き
期限内に気づいた訂正申告(期限内にもう一度提出。最後のものが有効)
期限後・税額が増える修正申告(早く出すほど加算税が軽い)
期限後・税額が減る更正の請求(原則5年以内)

3月10日、freee で申告書を作り終えました。e-Tax で送信しようとしたところ、マイナンバーカードの署名用電子証明書のパスワードを忘れており、3回間違えました。あと2回でロックされます。どうすべきでしょうか?

この章のまとめ

  • 申告の作業量はその年の記帳習慣で決まっている
  • マイナポータル連携で控除証明書を自動取得できる。初回設定の価値は大きい
  • freee は質問形式。決算整理と残高確認(Step 3・4)を飛ばさない
  • マイナンバーカードのパスワードは5回でロック。2月のうちに確認しておく
  • e-Tax の受信通知は収受印の代わり。申告書 PDF とセットで保存する
  • 振替納税は実質1ヶ月の猶予。ただし引き落とし日の残高管理が必要
  • 還付申告は1月1日から提出できる
  • 間違いは訂正申告・修正申告・更正の請求で直せる。期限内提出を最優先する

参考資料

対象リンク
国税庁 確定申告書等作成コーナーhttps://www.keisan.nta.go.jp/
国税庁 e-Taxhttps://www.e-tax.nta.go.jp/
国税庁 マイナポータル連携特設ページhttps://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/mynumbercard/
国税庁 国税の納付手続https://www.nta.go.jp/taxes/nozei/nofu/index.htm
デジタル庁 マイナンバーカードhttps://www.digital.go.jp/policies/mynumber
読み終わったら記録しておくと、目次で進み具合が分かります。